SD Muhammadiyah 16 Surabaya berdiri sejak tahun 1970. Lalu pada tahun 2022, Pimpinan Cabang Muhammadiyah Ngagel Kota Surabaya melakukan upgrading terhadap sekolah ini.
Maka dibentuklah Tim Inovasi Pengembangan Sekolah (TIPS) yang terdiri dari (alm) Ust. Ismady Retty, Ust. Heru Thahjono dan Ust. Ahmad Zaini untuk melakukan rebranding. Sehingga terciptalah nama Sekolah Kreatif SD Muhammadiyah 16 Surabaya.
Sejak saat itu sekolah ini diminai masyarakat dan menjadi sekolah teladan dan rujukan sekolah tingkat nasional.